对于吴茂昆火速下台，网友纷纷留言“史上最短命‘教育部长’！这个一定要列入史册，笑他一辈子！”“死好”“迟来比不来好一点，终究还是来了”“爷们就是爷们…两个‘部长’（吴茂昆和潘文忠）都挡不住一个台大校长”。

不过也有网友认为内情不单纯，响应“任务完成，升官了！”“等着接院长....”“应该是为了选举考虑，被上面逼退的”“功成身退？一个扯烂吴、配一个管中闵，民进党赢了，台大输了，大学自主输了，台湾输了”“期待听徐国勇（台当局“行政院发言人”）怎么拗”“让他走就是想无后顾之忧地卡死管校长”。